Для начала бы отзывы почитать и в целом посмотреть какие они бывают и для каких задач применяются. С таким подходом точно получится подобрать хорошую систему. Еще могу порекомендовать портал Helpdeskrating.com, тут хорошо описаны преимущества и недостатки каждой HelpDesk системы и есть отзывы от реальных пользователей. На их основе будет проще сделать выбор.